Klaarmaken van de grond
Sloop camping Napoleon Hoeve
In het kader van het project Zwakke Schakels is de kust ter hoogte van Groede-Breskens versterkt. De zeedijk is zowel verbreed als verhoogd. Hierdoor moest de direct achter de duinen gelegen camping Napoleonhoeve wijken. Eind 2012 is het terrein van de Napoleonhoeve geruimd.

Munitieonderzoek
Eind 2012, begin 2013 is het hele plangebied van Waterdunen onderzocht op niet gesprongen explosieven (NGE). In de Tweede Wereldoorlog waren de dijken aan de kust van West-Zeeuws-Vlaanderen namelijk vaak het doelwit van bombardementen. Uit het onderzoek bleek inderdaad veel munitie-gerelateerd materiaal in de grond te zitten. Ook zijn veel andere voorwerpen gevonden, zoals een grote hoeveelheid hoefijzers in de landbouwpercelen. Het meest spectaculair waren twee bommen van elk 500 kg en de resten van een neergestort Engels vliegtuig. Ook in april 2019 zijn nog twee vliegtuigbommen gevonden en binnen het werkgebied van Waterdunen geruimd.

Archeologie
Op verschillende locaties in Waterdunen is archeologisch onderzoek gedaan. Daarbij is vooral gekeken naar aanwijzingen voor de aanleg van polders (dijken), bewoning en gebruik van de polders, zoals sporen van boerderijen en landinrichting en van de 19de-eeuwse versterking Fort Napoleon. De oudste bedijking in het gebied dateert al uit de 16de eeuw. Dijken werden in die tijd vaak op een houtconstructie gebouwd.
